1899年底，袁世凯出任山东巡抚、成为山东地区的最高军政长官时，就不不可避免地与正在兴起的义和团运动有了接触。
　　义和团源自义和拳、梅花拳、大刀会、义和会等民间秘密结社，最初流行于山东、直隶（今河北）等地，以设拳厂、练拳术等方式组织群众。据民国野史氏《袁世凯轶事》所载，山东义和团中有一支初名义和会，会众“素精拳术”，会员则不分老幼尊卑，一律互称“师兄”、“师弟”。大概是取柔能克刚的寓意吧，他们宣称只要能够熟练地掌握一种“柔术”，就能刀枪不入——别说冷兵器刀矛剑戟，即使火枪大炮也伤害不了。这一来，四面八方的无赖子弟、失业游民都纷纷归附，声势越来越大。在袁世凯之前的两任山东巡抚，一个是辽宁大连人李秉衡，一个是汉军正黄旗人毓贤。李秉衡震惊于其声势，客客气气地将一些拳民请进巡抚衙门。但见两个头领每人手持一盏红灯。李秉衡询问缘由，他们说：这两盏红灯就是教主的两只眼睛，其光线能够照到的地方，枪炮就发不出火来。可笑李秉衡竟然信以为真，重重地赏赐了他们。及至毓贤继任山东巡抚，更与拳民“深相结纳”，特别优待。其时义和会、大刀会等已由“义和拳”更名为“义和团”，毓贤竟让他们“团建旗帜，皆署‘毓’字”（《清史稿•毓贤传》），义和团俨然成为巡抚大人属下的一支武装了。毓贤特别仇视洋人，但凡碰到涉外案件，一律以强硬态度袒护拳民，甚至以“保护”为名，将各地洋教士及其家属七十多人骗到省城济南，全部杀害，连妇女儿童也未能幸免。上行下效，山东地区民风素来强悍，巡抚大人的所作所为大大助长了拳民、团众的排外倾向，仇教事件不断发生。清廷迫于外国压力，不得不撤了毓贤的职。而袁世凯则看准这个时机，请求直隶总督荣禄保举自己取代毓贤。由于袁世凯在刚刚过去的戊戌政变中告密有功，荣禄果然向慈禧太后推荐了他。慈禧也看在他出卖康有为、梁启超等维新人士的份儿上，让袁世凯当上了山东巡抚。袁世凯又请求将其在天津小站训练的北洋新军带往山东，也获得批准。
　　袁世凯初抵省城济南时，义和团中的大师兄、二师兄等根据以往山东巡抚李秉衡、毓贤的优待经验，满以为袁大人也会主动与自己联络。当袁世凯乘着轿子拜访当地有名望的人士时，他们就带着大批团众，手提红灯，身披彩衣，排列于街市之中，口中还喃喃念诵咒语，希望袁世凯看到之后下轿咨询。哪知袁世凯假装没有看见，根本就没有理睬。大师兄、二师兄原计划只要袁世凯一开口询问，就劝他与自己共同排外，杀尽洋人，完成前巡抚毓贤的未竟之志。哪知这位新巡抚如此冷漠，大师兄们大失所望，只得带着徒众，悻悻离去。回到衙署后，袁世凯才向侍从们询问。侍从们都说：他们是义和拳的“神师”啊！袁又问：既称“神师”，究竟有什么法力呢？那些侍从与义和团的首领们结识已久，又得了他们的贿赂，就把义和团的“神技”吹得天花乱坠，希望巡抚大人对他们加以重用。袁世凯虽然露出欣悦的神态，却没给出任何肯定的答复，就岔入了别的话题。那些侍从们也都怏怏而退。正是这一年，清廷允许德国人在山东修建胶济铁路，山东百姓群起反对，高密、昌邑等地甚至出现了武装排外事件。两县官员发电告急，袁世凯命令大将夏辛酉、冯国璋等率军抵达县境，屯兵于交通要道，却不发起攻击，只是严防死堵，不让事件向别处扩大、蔓延而已。济南的义和团们觉得机会来了，大师兄便率领数十个团众，直抵巡抚衙门拜访袁大人。出乎他们的预料，这一次袁世凯热情极了，不但倒屣相迎，而且优礼有加，还极口称赞他们的“神术”。大师兄以为袁世凯一定是有求于己了，便大大咧咧地说：“洋人欺我太甚，他们修筑胶济铁路，是想以邪术摄取民间童男童女的灵魂，镇压于轨道之下，待火车运行时为之推送啊！我们全体团众不忍坐视不救，已号召高密、昌邑两县团众武装起义了。我的两位师弟曾经口诵神咒，已经咒死了无数德国人，用不了多久，就能廓清全省异族了。大帅您身为我们山东的封疆大吏，难道忍心坐视亿万生灵受外人涂毒，却不予援手么？”话音刚落，数十个团众一起鼓掌。袁世凯唯唯应诺，又慢吞吞地问：“不知大师兄要我如何给山东民众以援手呢？”大师兄慷慨地说：“事到如今，唯有官民一致，杀尽洋人，才能彻底铲除遗孽。”袁世凯故意说：“洋人的火器厉害，只怕难以抵挡吧？”大师兄笑道：“只要大帅首肯，一切具体措施，全由我们负责。至于他们的枪炮，我们自有奇术，足以震摄、破解。”袁世凯连连摇头，似乎不信。大师兄还没有开口，那些徒众们已乱哄哄地说：“长官如果怀疑，我们愿意在长官面前一试神技。”袁世凯连连摇手道：“不行不行，倘若伤害了你们，日后与洋人对垒，不就少了一批健将么？”团众们都说：“我们自愿如此，即使有所伤害，与长官有什么关系？”袁世凯这才应允，就带着大师兄及其同伴进入署中的射击场，又召来数十名卫士，环立四周，手持火枪，准备射击。数十名义和团众则分成四五堆，每人左手提一盏红灯，右手戟指空中，脚踏禹步，口中喃喃念咒。大师兄与袁世凯并肩而立，并请袁世凯下令卫士射击。袁世凯手一挥，众卫士就做出举枪欲击之状，众团民则立即伏卧于地。待团民们刚刚站起身来，袁世凯又把手一挥，卫士们又做出举枪欲击之状，团民们再一次伏卧于地。连续三次，袁世凯故作诧异地说：“枪已实弹，为什么射不出来？太奇怪了，神师的话，果然一点不错！”大师兄得意洋洋，傲慢地说：“我怎么敢欺骗大帅呢！”话音未落，只听“砰”地一声，大师兄已经跌仆于地，气绝身亡。原来，袁世凯听了大师兄的荒诞虚妄之言，便悄悄地嘱咐卫士以空枪相向，虚张声势。大师兄愚昧无知，以为火器果然已被“神术”制伏，正当他自鸣得意时，袁世凯已乘其不备，拔出手枪，击中其要害。袁世凯又故作诧异地说：“咦，你们的大首领尚且禁不住我的一颗子弹，何况你们的技能远不及他呢？赶快束手就缚，不然，就让他们的血肉之驱作为我的贮弹之库！”说罢一挥手，只听哗啦啦一阵响，众卫士装弹、瞄准、手扣扳机，只待袁大人下达射击令。众团民吓坏了，全都跪倒于地，连连磕头，有的还流出了眼泪。袁世凯于是说：“我如果杀掉你们，如同屠猪杀狗，你们也值得玷污我的刀刃么？今天姑且放了你们，你们务须洗心革面，不得再以邪术害人。倘若再犯，绝不宽恕！”说完挥挥手，命令众卫士将他们逐出了衙门。而袁世凯则“哈哈哈哈”一阵大笑，入内室休息去了。
　　当袁世凯放掉大师兄的徒众时，他的两个亲信——参赞唐绍仪与统将段祺瑞大惑不解地问：“大帅既然知道这些人用左道邪术惑乱民众，为什么不杀掉他们，却让他们贻害别处呢？”袁世凯微微一笑，并不回答。二人一再询问，袁世凯才握着两人的手，进入一间密室，又屏退侍从，悄悄地说：“咱哥儿们，难道仅仅满足于终身担任巡抚、参赞与统将么？我今天的这些举措，正是咱哥儿们日后雄飞世界的绝好机会啊。你们看，今天那些居高位、享厚禄的家伙们，都是些目光短浅、庸懦无能的肉食之徒。这些拳民不能用邪说迷惑我，焉知他们不会用这一套去迷惑其他官员？我将他们驱逐而出，他们到了别的省份，足以把该省搞得一塌糊涂。山东是我的管辖之地，我只要保证山东不出乱子，听任他们在别处胡作非为，咱哥儿们隔岸观火，听任他们鹬蚌相争，与咱何干？我的这些举措即使不能获得朝廷的奖赏，却保护了在山东的外国人，也是一桩大功勋。天下若有变故，咱哥儿们不就可以坐收渔翁之利了么？二位是我的知己，我才直言相告。只要二位跟着我袁某，袁某日后又怎敢忘掉你们呢！”唐绍仪与段祺瑞都大为佩服，又问：“高密、昌邑的乱局，大帅准备如何处置？”袁世凯笑道：“我早已部署好了。”即刻发电报命令夏辛酉、冯国璋等迅速进兵，很快就解决了问题。袁世凯又派人去对那些拳民、团众们说：“你们的那点伎俩，俺老袁早已见识过了。你们的大师兄为万众之首，尚且不禁一击。我欲全歼你们这些党羽，又担心其中有盲从、附和者，不忍心一概杀戮。只要你们散为良民，我袁某全都免予追究。”于是那些拳民、团众们深知山东难以立足，纷纷流窜到直隶、京津一带，终于酿成了八国联军入侵的“庚子之变”。工于心计的袁世凯则用嫁祸于邻省的狡诈之术，用成千上万无辜者的鲜血，染红了自己的“顶子”，当上了直隶总督兼北洋大臣，成为清廷炙手可热的实权派人物。